La mayoría de los investigadores piensan que a veces existen factores hereditarios en la formación del paladar hendido. Las investigaciones han también demostrado que factores no-hereditarios incluyendo deficiencias nutricionales, infecciones y algunas drogas pueden también causar defectos similares.

Los padres de niños con labio y paladar hendido a menudo se cuestionan si deberían tener más niños. Si la madre también tiene labio y/o paladar hendido, ella tendrá más posibilidades de tener otro niño con labio y paladar hendido que si es el padre el que tiene esta deformidad.

Las diferencias sexuales y raciales afectan estas consideraciones. Mientras uno en 600 ó 700 recién nacidos en la población caucásica puede tener labio y paladar hendido, solamente uno en 2,000 recién nacidos en la población negra es afectado. El labio y/o paladar hendido es más frecuente en el sexo masculino; mientras que solamente la hendidura en el paladar es más frecuente en el sexo femenino. Labio y/o paladar hendido en general, ocurre más frecuente en el sexo masculino.

Si son padres y no tienen a ningún otro niño con labio y/o paladar hendido y tiene un hijo con este problema, sus posibilidades serían de uno en 25 de tener otro niño con labio y/o paladar hendido. Si es madre con labio y/o paladar hendido y tiene un hijo con la misma deformidad, entonces sus posibilidades de tener otro hijo con labio y paladar hendido son aproximadamente de uno en 10.